中国的基督教自立，在民国时期的发展并非一帆风顺。相反，在半殖民地的中国，其经历一波三折，颇为坎坷。蒋介石当政后，碍于和英美的关系，对宗教自治并不热心，又恐其有革命之嫌曾加以防范，这给基督教的自立带来了负面影响。1927年中国自立教会就曾达到600多所，但到了1935年只剩下200多所，只是在抗日战争时期民族情绪高涨，才又趁势而起发展了起来。
四、基督教文化与本土文化的“交融”
由于上述因素，民国基督教文化越来越呈现与中国本土文化交融结合的特点，这首先反映在教会的名称上，纷纷加上了“中国”、“中华”等字眼。如长老会、公理会、伦敦会合并在一起，统称“中华基督教联会”，信义会改称“中华信义会”，浸礼会改称“中华浸信会联会”，监理会、美以美会、循理会、循道会、美道会合并，统称“中华卫理公会”。
在教义上，则力图与儒家说教、佛家思想相契合。与儒家的交融方面，最显著的例子在于新译本《圣经》不仅引用儒家经典中的“上帝”、“神”来称呼基督教的造物主，而且《圣经》中的伦理道德说教也可经常与儒经相参证。举例而言，“爱人如己”与“己所不欲，勿施于人”、“爱仇敌”与“报怨以德”、“用诡诈之舌求财的，就是自己取死，所得之财，乃是吹来吹去的浮云”与“不义而富且贵，于我如浮云”、“我们知道神不听罪人，唯有敬奉神遵行他旨义的，神才听他”与“获罪于天，无所祷也”等都很类似，皆可互相参证。民国学者林悟真在其《宗教比较学》、周亿孚在其《基督教与中国》等书中都对基督教与儒学的关系做了论述。教徒聂云台则干脆主张“基督教儒教化”，完全用儒家思想来说明基督教。
